台塑企業於2006年成立「節能減碳暨污染防治推動組織」，統籌推動各公司節水節能及污染防治改善工作。另南亞公司總經理室設立「安全衛生處」及「資源回收處」，統籌全公司安全衛生與環保管理等事務，並編制稽核小組負責廠區稽查、追蹤改善等查核作業，各事業部及生產廠亦配置安衛環管理人員，擔任督導、協調各項環安業務。

南亞公司已取得之環境管理系統證書如下：

證書名稱	獲證單位/產品
ISO 14001:2015 環境管理系統	樹林、林口、工三、錦興、麥寮、海豐、新港、嘉義、仁武及林園等廠區
ISO 50001：2018 能源管理系統	樹林一廠及二廠、林口廠、嘉義一/二/四廠、硬布一廠、工程塑膠廠、新港銅箔基板一/三廠、門窗廠、仁武一/二廠、林園廠
ISO 14046：2014 水足跡	南亞公
綠色工廠標章	樹林二廠、新港銅箔基板一及三廠、麥寮總廠 (乙二醇廠)、海豐總廠(乙二醇廠)、製膜二廠
綠建築標章	董事樹林二廠、新港銅箔基板一及三廠、銅箔四廠（銀級）、麥寮總廠 (乙二醇廠)、海豐總廠(乙二醇廠)、製膜二廠