南亞公司依據營運生產流程，從「原料供應」、「生產流程(含產品製造、污染防制及設備維護」、「出貨」，鑑別可能衝擊來源，並依環境部廢棄物相關法令、主管機關核准之廢棄物清理計畫書及企業訂定之「事業廢棄物管理辦法」進行廢棄物控管。

產生之一般與有害廢棄物，主要由產出部門統一管理，並委託具合格環保證照之廠商負責廢棄物的清除及處理，同時建立廢棄物清理自主稽核管制措施，確保廢棄物清運處理廠商妥善處理所有事業廢棄物。2024年，本公司及子公司依規定共完成347場次應追蹤流向廢棄物查訪作業，且未發生清運廠商任意棄置廢棄物之異常。