南亚公司依据营运生产流程，从「原料供应」、「生产流程(含产品制造、污染防制及设备维护」、「出货」，鉴别可能冲击来源，并依环境部废弃物相关法令、主管机关核准之废弃物清理计划书及企业订定之「事业废弃物管理办法」进行废弃物控管。

产生之一般与有害废弃物，主要由产出部门统一管理，并委托具合格环保证照之厂商负责废弃物的清除及处理，同时建立废弃物清理自主稽核管制措施，确保废弃物清运处理厂商妥善处理所有事业废弃物。2024年，本公司及子公司依规定共完成347场次应追踪流向废弃物查访作业，且未发生清运厂商任意弃置废弃物之异常。